Séminaire (organisé par l’équipe de recherche DI)

Laurent JACOB

UC Berkeley

Two-sample tests of differential expression on gene networks

Mardi 23 novembre 2010 à 14h C221

Résumé :

Measuring gene expressions to study a biological phenomenon or build prognosis tools is now common practice. When analyzing this type of data, one is very often interested in detecting pre-defined sets of genes that are known to work together and are significantly differentially expressed between two particular conditions. Multivariate statistics allow to test for differential expression at the gene set level directly which makes them more interpretable than the widely used gene set enrichment approach.

However, they are known to lose power quickly with increasing dimension. At the same time, an increasing number of regulation networks are becoming available, specifying, for example, which genes activate or inhibit the expression of other genes.

We intend to use these networks to build spaces of lower dimension, yet retaining most of the expression shift of gene sets. This makes the multivariate testing amenable and provably more powerful under (partly) coherent expression shift assumption.

Technical report


Lundi 6 novembre 2017

Séminaire à 14 h 00 en GI042 (Bâtiment Blaise Pascal de l’UTC) présenté par Cheng-Lin LIU, Professeur et Directeur du laboratoire NLPR à Pékin.
« Research in CASIA, Beijing »

Mardi 20 juin 2017

Séminaire à 14h en GI042 (bâtiment Blaise Pascal), présenté par Patrice Perny, LIP6.
« Décision interactive sur domaine combinatoire par élicitation incrémentale de préférences ».

Jeudi 11 mai 2017

Séminaire à 14h en GI042 (bâtiment Blaise Pascal), présenté par Nicolas Maudet, LIP6 (Equipe SMA).
« Current issues in argumentation ».

Mardi 4 avril 2017

Séminaire à 14 h dans l’amphi du Centre d’Innovation de l’UTC, présenté par Xavier LAGORCE, PhD, Head of Computer Vision, Chronocam.
« Chronocam : Event-based cameras for machine vision »

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FR SHIC 3272

Collegium UTC/CNRS